在夫妻离婚且有两个孩子的情况下，法院在判决抚养权时主要遵循以下原则：
最有利于未成年子女的原则 ：法院在判决时会综合考虑各种因素，包括夫妻双方的抚养能力、经济能力、孩子的年龄、性别、生活习惯等，以确保孩子的最大利益得到保障。年龄因素
两周岁以下的子女：
原则上判给母亲抚养，但如果母亲存在重大疾病、传染病或其他不利于孩子成长的情况，孩子也可以随父亲生活。
两周岁到十周岁之间的子女：法院会按照有利于子女成长的原则判决，考虑双方的经济条件、抚养能力、孩子的生活习惯等因素。
十周岁以上的子女：法院会尊重孩子的真实意愿，听取他们对跟随哪一方生活的意见。
特殊情况
如果一方能够证明另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活，那么两个孩子可能均由一方抚养。
如果双方均要求抚养两个孩子，但无法达成一致意见，法院可能会判决一人抚养一个孩子，但具体判决会根据上述原则综合考虑。
协议离婚：
如果夫妻双方能够就孩子抚养问题协商一致，法庭会按照双方的意见出具判决书。这体现了法律对当事人意愿的尊重。
建议
提前准备：在离婚过程中，夫妻双方应尽量就孩子抚养问题达成协议，以减少诉讼过程中的争议和孩子的心理压力。
收集证据：如果无法协商一致，应提前收集相关证据，如经济状况、居住环境、孩子的意愿等，以便在法庭上有力地陈述自己的立场。
法律咨询：在离婚过程中，建议咨询专业律师，了解相关法律规定和诉讼程序，以维护自己和孩子的合法权益。
通过以上原则和考虑因素，法院会尽力作出最有利于孩子的判决，确保孩子的身心健康和成长。
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